機械仕掛けの愛
愛のジェットコースター
機械仕掛けの愛を進めるとパシフィカで発生する「愛のジェットコースター」イベントが消滅するので、先にイベントを消化しておく。
クラウドへの再入場
最新バージョン(2.31)ではマイコ・マエダとの面会までストーリーを進めてシャッターを開けたとしてもクラウドに再入場できなくなっている。初回突入時にくまなく探索してイベントやアイテムの取り忘れがないようにする。エヴリンの下着とバッグは取り返しがつかないが、カクテルスティックはドッグタウンで購入できる。
内なる野獣
クレアとの会話でクレアに同調する選択肢を選んでいくと、最後にサンプソンを赦すよう提案しても射殺してしまう。結果的にサンプソンが死亡しても彼の車はオートフィクサーから購入できるようになるが、節約したいならサンプソンを生かしておいたほうがあとで譲ってもらえるので得。
なお一連のクエストのレース中に登場するほとんどの車はカーハッカーのエンジン爆破か緊急ブレーキで無力化できるが、一部効かない車両もある。ファイアクラッカーをつけたサブマシンガンで攻撃すると簡単にパンクさせられるので、慣れればサイバーデッキなしでもなんとかなる。
ブードゥー・ボーイズの命運
グランド・インペリアル・モールでネットウォッチに協力するとブードゥーボーイズは壊滅して、野良ではほぼ出現しなくなる。ブードゥーボーイズのネットランナーを倒すとデーモンをドロップするが、そこまでして入手するものでもないので、生かすも殺すも好きにして構わない。
ドッグタウン
鑑の中のルクレティア：メトロ
キメラを倒したあとに地下道を通り、ドッグタウンに抜ける道中で監視カメラに見つかり、さらに証拠を消さないと、ソロモン・リードと合流したあとにバーゲスト兵の襲撃を受けるほか、ジェイコブとテイラーが死亡する。
怖れ知らず
バーゲストのテントにいるパコはほかのバーゲスト兵同様に敵対するので、近くで戦闘行為を起こさないこと。倒すとアンブラ Carmenが手に入るので、報酬としては生死に左右されない。
アンブラ X-MOD2
ドッグタウンで自由行動ができるようになって初めての投下物資はテラ・コグニータ近くのエレベータ近辺に位置が固定されている。この投下物資を回収しないとアンブラ X-MOD2に続くトタン板がいつまで経っても取り除かれなくなってしまうので、まずは投下物資の回収に向かうこと。投下物資と距離があると時間経過で消滅してしまう。
取り損なってもバージョン2.31では高台から加速して隙間からバイクで入れば回収可能。加速がいいバイクでないと入れないのと角度がわりと厳しめ。
投下物資
各地点で最初の数回は固定の投下物資がある。また、あらかじめ投下済みの物資もあり、それらは狼煙も上がらないので、怪しい箇所を回って見つけ出さなければならない。内容については通常の投下物資と同程度の水準。